Минфин письмом от 25.12.2009  № 03-02-07/1-572 дал ответ на вопрос:

Организация планирует выполнение работ по договорам субподряда по ремонту, монтажу, техническому и сервисному обслуживанию энергетического оборудования на объектах контрагентов, расположенных вне места постановки на налоговый учет организации-подрядчика. Работы будут выполняться путем направления работников организации-подрядчика в командировки. Общие сроки выполнения работ по договорам — до года, но работы на каждом объекте будут выполняться в течение 21 дня. Для осуществления работ организация-подрядчик не планирует привлекать и (или) арендовать помещения, временные сооружения, склады, технику. Возникает ли в данном случае у организации-подрядчика обязанность регистрировать обособленные подразделения в ИФНС по месту нахождения командированных работников для выполнения вышеуказанных работ?
Ответ:

В соответствии с п. 2 ст. 11 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) обособленным подразделением организации для целей Кодекса и иных актов законодательства о налогах и сборах признается любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца.

В целях проведения налогового контроля организация подлежит постановке на учет в налоговых органах по месту ее нахождения, месту нахождения ее обособленных подразделений, а также по месту нахождения принадлежащего ей недвижимого имущества и транспортных средств и по иным основаниям, предусмотренным Кодексом (п. 1 ст. 83 Кодекса).

В соответствии с арбитражной практикой под оборудованностью стационарного рабочего места понимается создание всех необходимых для исполнения трудовых обязанностей условий, а также само исполнение таких обязанностей. Форма организации работ (вахтовый метод или командировка), срок нахождения конкретного работника на созданном организацией стационарном рабочем месте не имеет правового значения для постановки на учет юридического лица по месту нахождения его обособленного подразделения (Постановления Федерального арбитражного суда Московского округа от 30.07.2004 № КА-А41/6389?04, Федерального арбитражного суда Северо-Кавказского округа от 21.09.2006 № Ф08-4234/2006-1814А, от 29.11.2006 № Ф08-6161/2006-2552А).

Полагаем, что в случае, когда организация направляет своих сотрудников в служебную командировку для выполнения работ без создания стационарных рабочих мест, то обязанность по постановке на учет по месту выполнения таких работ не возникает.

При возникновении у налогоплательщиков затруднений с определением места постановки на учет решение на основе представленных ими данных принимается налоговым органом (п. 9 ст. 83 Кодекса).

Для решения вопроса о наличии либо об отсутствии признаков обособленного подразделения организации по месту осуществления ее деятельности налоговыми органами учитываются фактический характер отношений между организацией и ее сотрудниками и другие фактические обстоятельства осуществления организацией деятельности вне места своего нахождения.