В соответствии с Указом Президента РФ от 12 мая 2008 года № 724 Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти, в Правительстве РФ в результате реорганизации появились новые министерства, а структура подведомственных ему служб и федеральных агентств значительно изменилась.

Всего в правительстве Владимира Путина будет 17 министерств (ранее их было 15), федеральных служб — 29 (ранее 28), федеральных агентств — 29 (ранее 32).

Согласно Указа:

Образовано Министерство спорта, туризма и молодежной политики РФ, а Государственный комитет РФ по делам молодежи преобразовать в Федеральное агентство по делам молодежи.

В ведении Министерства спорта, туризма и молодежной политики РФ находятся:
- Федеральное агентство по делам молодежи
- Федеральное агентство по туризму
- Федеральное агентство по физической культуре и спорту.

Образовано Федеральное агентство по делам Содружества Независимых Государств. Установлено, что агентство будет находиться в ведении Министерства иностранных дел РФ.

Министерству юстиции РФ переданы функции Федеральной регистрационной службы по регистрации некоммерческих организаций, в том числе отделений международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций. При этом предусматривается соответствующее увеличение штатной численности Минюста и уменьшение штатной численности Росрегистрации.

Министерство информационных технологий и связи РФ преобразовано в Министерство связи и массовых коммуникаций РФ.

Федеральная служба по надзору в сфере массовых коммуникаций, связи и охраны культурного наследия разделена на:

- Федеральную службу по надзору в сфере связи и массовых коммуникаций (функции по контролю и надзору в СМИ, в том числе электронных, и массовых коммуникаций, информационных технологий и связи, включая регистрацию СМИ).

- Федеральную службу по надзору за соблюдением законодательства в области охраны культурного наследия (функции по охране культурного наследия, авторского права и смежных прав).

Министерство культуры и массовых коммуникаций РФ преобразовано в Министерство культуры РФ.

Министерство природных ресурсов РФ преобразовано в Министерство природных ресурсов и экологии РФ.

Установлено, что в ведении Министерства природных ресурсов и экологии РФ находятся:
- Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды,
- Федеральная служба по надзору в сфере природопользования,
- Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору,
- Федеральное агентство водных ресурсов и Федеральное агентство по недропользованию.

Министерство промышленности и энергетики РФ разделено на:
- Министерство промышленности и торговли РФ (передаются функции Минэкономразвития по выработке госполитики и нормативно-правовому регулированию в сфере торговли)
- Министерство энергетики РФ.

Министерству сельского хозяйства РФ передаются функции преобразуемого Минэкономразвития по выработке и реализации госполитики и нормативно-правовому регулированию в сфере земельных отношений, рыболовству, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота, охраны и использования водных биологических ресурсов.

В ведении Министерства сельского хозяйства РФ находятся:
- Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору
- Федеральное агентство лесного хозяйства
- Федеральное агентство по рыболовству.

Государственный комитет РФ по рыболовству преобразован в Федеральное агентство по рыболовству.

Министерство экономического развития и торговли РФ преобразовано в Министерство экономического развития РФ.

В ведении Министерства экономического развития РФ находятся:

- Федеральная служба государственной статистики
- Федеральная регистрационная служба
- Федеральное агентство геодезии и картографии
- Федеральное агентство по государственным резервам
- Федеральное агентство кадастра объектов недвижимости
- Федеральное агентство по управлению государственным имуществом
- Федеральное агентство по управлению особыми экономическими зонами.

Федеральное агентство по управлению федеральным имуществом преобразовано в Федеральное агентство по управлению государственным имуществом.

Упразднены:

Федеральное агентство по высокотехнологичной медицинской помощи;

Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию;

Федеральное агентство по культуре и кинематографии, передав его функции Министерству культуры РФ;

Федеральное агентство по промышленности, передав его функции Министерству промышленности и торговли РФ;

Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству, передав его функции Министерству регионального развития РФ;

Федеральное агентство по энергетике, передав его функции Министерству энергетики РФ.

Министерству здравоохранения и социального развития РФ переданы функции:

- упраздняемого Федерального агентства по высокотехнологичной медицинской помощи

- упраздняемого Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию.

Федеральному медико-биологическому агентству переданы функции упраздняемого Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию.

Установлено, что Федеральная аэронавигационная служба находится в ведении Министерства транспорта РФ.